首先是洁净工程设备选型及工程造价问题。由于我国洁净室设备生产企业和医疗机构的交流渠道不够顺畅，因此医疗机构在新建洁净工程时很难做到货比三家，只能提出技术要求委托工程公司采购，这样就很难控制设备选择达到理想的性价比，而这点也直接使得医用洁净工程造价偏高，致使后期医疗成本走高。

　　其次是后期维护费用过高。据了解，目前很多洁净工程的维护还是委托工程公司负责，无论是简单维修、设备更新还是故障处理，都只能依赖工程公司，一方面造成故障响应速度缓慢，另一方面也使得维护费用过高。

　　最后是专业人才的匮乏。在工程公司完成交钥匙工程后，医疗机构没有渠道获得专业的足够人才来运行、管理、维护洁净工程，使得一些简单的小问题都会影响工程的正常运行，降低了投资效益。

　　医用洁净工程广泛用于手术室、产房、配药房等，给病人创造了一个良好的康复环境。医用洁净工程是卫生环境的构建者，须把满足医疗需要放关键位置，不能“为净化而净化”，保障工程造价合理，净化室运行节能环保。